Dalla piazza, un corridoio posto a sinistra della facciata conduce al chiostro: unico resto, insieme alla torre, dell’Abbazia benedettina demolita nel XIX secolo. Il chiostro fu costruito nel X secolo e fu più volte rinnovato: quello attuale risale ai primi anni del XIV secolo. Le arcate dei lati nord e sud sono a tutto sesto, mentre gli altri due sono a sesto acuto.
Sul lato settentrionale era posta una fontana e nell’edicola sporgente un lavatoio per i monaci. Tutto attorno al chiostro monumenti sepolcrali: molti di essi provengono da altre chiese. Dal chiostro, scendendo qualche gradino, si accede a un locale antico riservato alla liturgia, il cosiddetto Sacello di San Benedetto, ambiente a pianta quadrata coperto da volte a crociera. Secondo la tradizione qui avrebbe riposato il corpo di San Zeno prima della solenne traslazione in Basilica avvenuta nell’807. Uno scalone collega il chiostro con la chiesa superiore.
